Francisco nació en Asís, Italia en 1181 ó 1182. Su padre era comerciante y su madre pertenecía a una familia noble. Tenían una situación económica muy desahogada. Su padre comerciaba mucho con Francia y cuando nació su hijo las gentes apodaron al niño “francesco” (el francés) aunque éste había recibido en su bautismo el nombre de “Juan”.En su juventud no se interesó por los negocios de su padre ni tampoco por los estudios. Se dedicó a gozar de la vida sanamente. Gastaba mucho dinero pero siempre daba limosnas a los pobres.
Cuando Francisco tenía como unos veinte años estuvo preso durante un año debido a los pleitos y discordia entre las ciudades de Perugia y Asís. Al recobrar la libertad cayó gravemente enfermo, pero su enfermedad fortaleció y maduró su espíritu. Una vez recuperado decidió combatir en el ejército aunque por poco tiempo, pues finalmente decidió dedicar su vida a la oración.
Visitaba y servía a los enfermos en los hospitales. Siempre regalaba a los pobres sus vestidos o el dinero que llevaba. Un día una imagen de Jesucristo crucificado le habló y le pidió que reparara la Iglesia de San Damián que estaba en ruinas; por ello vendió su caballo y unas ropas de la tienda de su padre y ofreció este dinero al sacerdote pidiendo permiso para quedarse a vivir con él.
El padre de San Francisco, al enterarse de lo sucedido fue a la Iglesia de San Damián pero su hijo se escondió y pasó algunos días en oración y ayuno. Al regresar a su pueblo su padre lo encerró en una habitación (Francisco tenía entonces 25 años). Su madre se encargó de ponerle en libertad y él regresó a San Damián. Poco después San Francisco renunció a su herencia y partió buscando un lugar para establecerse.
Después de pedir limosna para reparar las Iglesias de San Damián y la antigua Iglesia de San Pedro se trasladó a una pequeña capilla llamada Porciúncula, perteneciente a los frailes benedictinos, la cual estaba en una llanura cerca de Asís. Porciúncula era un sitio muy tranquilo que gustó mucho a San Francisco.
Comenzó a predicar y sus palabras llegaban a los corazones de sus oyentes. Dios le había concedido ya el don de profecía y el don de milagros.
San Francisco tuvo muchos seguidores. Su primer discípulo fue Bernardo de Quintavalle que era un rico comerciante de Asís que vendió todo lo que tenía para darlo a los pobres. Su segundo discípulo fue Pedro de Cattaneo. San Francisco les concedió hábitos a los dos en abril de 1209.
Cuando ya contaba con doce discípulos, San Francisco redactó una regla breve e informal que eran principalmente consejos evangélicos para alcanzar la perfección. Después de varios años esta regla fue autorizada por el Papa Inocencio III.
En 1212, el abad regaló a San Francisco la capilla de Porciúncula con la condición de que la conservase siempre como la iglesia principal de la nueva orden. Él la aceptó pero sólo prestada sabiendo que pertenecía a los benedictinos. Alrededor de la Porciúncula construyeron cabañas muy sencillas. La pobreza era el fundamento de su orden. San Francisco sólo llegó a recibir el diaconado porque se consideraba indigno del sacerdocio. Los primeros años de la orden fueron un período de entrenamiento en la pobreza y en la caridad fraterna. Los frailes trabajaban en sus oficios y en los campos vecinos para ganarse el pan de cada día. Cuando no había trabajo suficiente, solían pedir limosna de puerta en puerta. El fundador les había prohibido aceptar dinero. Se distinguían por su gran capacidad de servicio a los demás, especialmente a los leprosos a quienes llamaban “hermanos cristianos”. Debían siempre obedecer al obispo del lugar donde se encontraran. El número de compañeros del santo iba en aumento.
San Francisco dio a su orden el nombre de “Frailes Menores” ya que quería que fueran humildes. La orden creció tanto que necesitaba de una organización sistemática y de disciplina común. La orden se dividió en provincias y al frente de cada una puso a un ministro encargado “del bien espiritual de los hermanos”.
La Orden de los Frailes Menores creció más allá de los Alpes y tenían misiones en España, Hungría y Alemania. En ella hubo quienes querían hacer unas reformas, pero su fundador nunca estuvo de acuerdo con éstas. Surgieron algunos problemas por ello dado que algunos frailes decían que no era posible el no poseer ningún bien.
San Francisco decía que éste era precisamente el espíritu y modo de vida de su orden.
San Francisco conoció en Roma a Santo Domingo que había predicado la fe y la penitencia en el sur de Francia.
En la Navidad de 1223 San Francisco construyó una especie de cueva en la que se representó el nacimiento de Cristo y se celebró Misa. En 1224 se retiró al Monte Alvernia y se construyó ahí una pequeña celda. La única persona que lo acompañó fue el hermano León y no quiso tener visitas. Es aquí donde sucedió el milagro de las estigmas en el cual quedaron impresas las señales de la pasión de Cristo en el cuerpo de Francisco. A partir de entonces llevaba las manos dentro de las mangas del hábito y llevaba medias y zapatos.
La salud de San Francisco se fue deteriorando, los estigmas le hacían sufrir y le debilitaron y ya casi había perdido la vista. Poco antes de morir dictó un testamento en el que recomendaba a los hermanos observar la regla y trabajar manualmente para evitar la ociosidad y dar buen ejemplo. Al enterarse que le quedaban pocas semanas de vida, pidió que lo llevaran a Porciúncula. Murió el 3 de octubre de 1226 con 44 años de edad. Fue sepultado en la Iglesia de San Jorge en Asís.
San Francisco contribuyó mucho a la renovación de la Iglesia caída en decadencia y el desorden en que estuvo sumida durante la Edad Media. San Francisco fue canonizado como santo el 16 de julio de 1228 por el Papa Gregorio IX.
